Могут ли компанию оштрафовать, если она опоздала    с уплатой НДФЛ (забыли перечислить налог в установленный срок)?
Да, в соответствии со ст. 123 Налогового Кодекса РФ. Налоговый агент освобождается от штрафа, если:
- расчет представлен в установленный срок;
- в расчете корректно отражены необходимые сведения и отсутствуют ошибки, приводящие к занижению суммы налога;
- налоговым агентом самостоятельно перечислены сумма налога и соответствующие пени до момента, когда стало известно об обнаружении налоговым органом факта несвоевременного перечисления суммы налога или о назначении    выездной налоговой проверки.     
На что нужно обратить внимание при получении налогового уведомления об уплате НДФЛ?  
Форма налогового уведомления включает не только расчеты по имущественным налогам, но и НДФЛ, не удержанного налоговым агентом.
Бывают ситуации, когда налогоплательщики высказывают несогласие с фактом получения от организации дохода, НДФЛ  с которого включен в налоговое уведомление.
При формировании налогового уведомления используются сведения, представленные налоговыми агентами; именно они несут ответственность за недостоверность таких сведений. Если налогоплательщик получил такое налоговое уведомление с разделом по уплате НДФЛ, исчисленного с дохода, который налогоплательщик не получал, ему нужно обратиться с жалобой не в налоговый орган, а в организацию, реквизиты которой указаны в сводном налоговом уведомлении. Обычно это кредитные и микрофинансовые организации. Если они признают, что сведения представлены ошибочно и направляют в налоговый орган уточненные сведения, тогда обязательства физического лица по НДФЛ могут быть пересмотрены. Иных правовых оснований для аннулирования произведенных начислений в налоговых уведомлениях у налоговых органов нет.
Могут ли в расчете по форме 6-НДФЛ быть отрицательные значения?
Нет. В расчете по ф. 6-НДФЛ отражаются уже скорректированные значения.
Нужно ли подавать налоговую декларацию при продаже автомобиля, который находился в собственности более 3 лет?
Доходы, полученные физическим лицом от продажи иного имущества, находящегося в собственности налогоплательщика 3 года и более, освобождаются от налогообложения НДФЛ. В данном случае представлять налоговую декларацию не требуется.
А если автомобиль получен в виде подарка от сестры?
Доходы, полученные в порядке дарения, освобождаются от налогообложения, если даритель и одаряемый       являются членами семьи или близкими родственниками в соответствии с Семейным кодексом РФ (супругами, родителями и детьми, в том числе усыновителями и усыновленными, дедушкой, бабушкой и внуками, полнородными и неполнородными братьями и сестрами).
В данной ситуации декларировать доход в натуральной форме, полученный от сестры в порядке дарения, не нужно.
Нужно ли сообщать налоговому органу о факте дарения и об освобождении от уплаты НДФЛ?
Если от налогового органа будет получено уведомление о необходимости декларирования такого дохода, в ответ можно написать письмо с изложением фактов, подтверждающих отсутствие обязанности представления налоговой декларации, приложив к нему документы (копии свидетельств о рождении, договора дарения).
Как определяется срок нахождения имущества в собственности при исчислении НДФЛ с доходов от продажи, если 1/3 доли в квартире получена в ходе приватизации в 2014 году; 1/3 доли унаследована по завещанию в 2016 году и 1/3 дои выкуплена в 2018 году, а сама квартира продана в 2018 году как целый объект?
В рассматриваемой ситуации квартира на момент продажи находилась в собственности более 3 лет, так как право собственности на первичную долю возникло в 2014 году, а все остальные доли лишь изменяют объем права, но не сам факт его наличия. Изменение размера   доли налогоплательщика в праве собственности на квартиру не прерывает срок нахождения указанного имущества в собственности налогоплательщика.
Налогоплательщик вправе получить освобождение от налогообложения доходов от продажи квартиры как целого объекта, поскольку она находилась в собственности более 3 лет.